新疆农业大学研究生院是新疆农业大学下属的教学研究机构，创建于2004年。其宗旨在于培养高层次、应用型、复合型创新型人才，推进学科交叉和学术创新，为我国特别是新疆乃至中亚地区的农业现代化和可持续发展培养急需的专业化人才。
研究生院下辖有植物科技研究所、作物遗传育种国家重点实验室、农业生态环境实验室、农业生物技术中心、现代农业产业技术创新中心和绿色化肥研究中心。这些重点实验室和研究中心发挥着重要的科研支撑和人才培养作用。
研究生院教学与管理团队强大，拥有一支高学历、高学位、高水平的管理和专业教师队伍。学院本着“强化学术管理、依靠人才培养、完善课程体系、提高教育质量”的发展方针，推行“优化课程设置、改革教学模式、完善考核评价、提高师资水平”的教学改革，同时开展包括“三步走”培养方案、启动式课堂教学法等在内的多项创新教学活动。
新疆农业大学研究生院致力于打造一支高端科技人才队伍，推动新疆农业现代化、生态化、高效化和可持续发展。吸引了大量的优质生源及各地优秀教师的关注，是新疆农业科技创新的重要支撑，也是培养农业科技人才的主力军。